Une IA « linguistique » prédit avec précision des mutations de Covid-19

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Image par Wilfried Pohnke de Pixabay

L. Bardon . – Un outil d’apprentissage en profondeur appelé Metabolic Translator pourrait bientôt donner aux chercheurs une meilleure idée de la façon dont les médicaments en cours de développement se comporteront dans le corps humain. Metabolic Translator, prédit les métabolites (produits des interactions entre les petites molécules comme les médicaments et les enzymes) pour donner aux développeurs une vue d’ensemble des effets d’un médicament. Le diagnostic est au centre de la plupart des initiatives d’IA dans le secteur des soins de santé. D’autant plus en Chine où le grand nombre de patients et les données qu’ils génèrent constituent une opportunité considérable. De telles applications s’avèrent utiles dans les hôpitaux, qui accueillent de nombreux patients et davantage de personnes désireuses de savoir si elles pourraient être infectées par le virus qui cause le Covid-19. Par exemple, un modèle de prédiction développé par Ping An Technology aiderait les autorités sanitaires de Chongqing et de Shenzhen à prévoir les épidémies à l’avance avec un taux de précision de plus de 90 %.

D’un point de vue évolutionniste, les mutations virales et notre système immunitaire sont constamment engagés dans un jeu du chat et de la souris. Récemment, un article hallucinant publié dans la revue Science, relate l’histoire dune équipe qui a mis au point un outil permettant de prédire les mutations d’un virus. Ce dernier provenant du domaine du traitement du langage naturel (NLP), le domaine de l’IA consistant à imiter la parole humaine.

L’idée de l’équipe était de construire une sorte de « langage viral », basé uniquement sur ses séquences génétiques. Ce langage, si l’on dispose d’exemples suffisants, peut ensuite être analysé à l’aide de techniques de NLP pour prédire comment les modifications de son génome modifient son interaction avec notre système immunitaire. En d’autres termes, grâce aux techniques de langage artificiel, il est possible de traquer les zones clés d’un génome viral qui, lorsqu’il subit une mutation, lui permet d’échapper aux anticorps itinérants. C’est une idée sérieusement farfelue.

Pour survivre, les virus s’appuient sur deux traits principaux. Tous deux impliquent leur interaction avec notre système immunitaire. Le premier est leur capacité à entrer dans une cellule pour se répliquer davantage. Ce trait, appelé « virulence », doit rester semi-consistant pour que le virus puisse se maintenir à l’intérieur d’un hôte. Pour survivre, un virus donné doit suivre sa propre « grammaire ». Ces séquences fondamentales, capturées dans son génome, permettent sa survie. Si l’on brise la grammaire avec trop de mutations, ou des mutations à des endroits critiques, le virus ne pourra plus entrer dans une cellule et se répliquer, et atteindra une impasse évolutive. Pourtant, la grammaire n’est que la moitié de la compréhension. L’autre est la sémantique, le sens des mots.

Il n’est pas fréquent que des branches scientifiques sans lien entre elles se donnent un coup de pouce. Et pour poursuivre l’analogie linguistique, il est possible que certaines personnes comprennent la même phrase différemment en fonction de leur histoire, de leur culture et de leur expérience. De même, nos systèmes immunitaires ne sont pas tous les mêmes : chacun d’entre eux possède sa propre pléthore de molécules, d’anticorps et de cellules immunitaires, ainsi que sa propre « force » globale.

La suite ici (Shelly Fan)

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